С 1998 года пишет художественную прозу под псевдонимом «Б. Акунин». Расшифровка «Б» как «Борис» появилась через несколько лет, когда у писателя стали часто брать интервью. А японское слово «Акунин» переводится как «негодяй», «злодей». Критические и документальные работы публикует под своим настоящим именем. Также публиковался под псевдонимами Анна Борисова и Анатолий Брусникин.
26 мая читатели Камызякской местной организации ВОС ознакомились с информационным списком литературы «Фандорин и Пелагея – герои исторических детективов», где были представлены книги Акунина в разных форматах и под разными псевдонимами. В ходе беседы выяснилось, что любимой героиней они считают Пелагею и выразили сожаление, что ей посвящено всего три книги.